Las descargas de aguas residuales sin tratamiento previo, han ocasionado la eutrofización del embalse. Ocasionando daños a la fauna nativa y a las aves migratorias. Existe una planta de potabilización de agua que surte a más de 20 colonias de Naucalpan, del preciado líquido. El impacto ambiental quedó a la vista de todos cuando el lirio acuático cubrió las 70 hectáreas del espejo de agua del embalse.
Nacel Arcoiris intervino convocando al voluntariado y estableciendo la Gobernanza, logrando el apoyo de los tres niveles de Gobierno para alcanzar la limpieza total del mismo.
Ahora el equipo profesional y técnico de Nacel Arcoiris ha implementado un proyecto de Restauración Ecológica en ocho etapas que favorecen la resiliencia mediante diferentes acciones que involucran a Gobierno Sociedad Civil, Iniciativa Privada y a la Academia. Cuenta con el apoyo de expertos de talla internacional. Se enfoca principalmente la Gestión del Suelo, la Gestión del Agua la Gestión de los Residuos Sólidos Urbanos; preserva las Áreas Naturales Protegidas y la vida Silvestre, se alinea a los Objetivos de Desarrollo Sostenible de la ONU y a los preceptos de la Carta de la Tierra. El objetivo principal es crear soluciones de la mano de los Servicios Ambientales Gratuitos de la Naturaleza.